Naruto est toujours à la recherche de Sasuke, il se voit alors confier la délicate mission de protéger une certaine Hotaru, détentrice du secret d’une technique interdite très puissante. Cette mission accomplie, il apprend la mort de son maitre : Jiraya est tombé au champ d’honneur.
Dans un dernier souffle de vie, et avec la volonté de ne jamais abandonner, celui-ci est parvenu à envoyer des indices clés sur Pain ! Konoha n’a pas de temps à perdre, il faut à tout prix les déchiffrer !
Pendant ce temps, Fukasaku propose d’emmener Naruto avec lui au mont Myôboku afin de lui enseigner le mode Ermite, tout comme il l’avait fait avec Jiraya. Pain, lui, se met en route pour Konoha, la confrontation promet d’être terrible !