Un an s’est écoulé depuis la fin de la première saison. La société est toujours régie par le Système Sibyl, grâce au Psycho-Pass, un procédé qui permet de connaître, d’évaluer et catégoriser l’état mental des humains. Au sein de la brigade de la Sécurité Publique chargée d’arrêter les criminels actifs ou dormants, l’inspecteur Akane  Tsunemori à la tête d’une nouvelle équipe, va de nouveau être confrontée à des rebelles défiant le Système Sibyl et à leurs actions terroristes. Encore une fois, les membres de l’unité 1 vont être amenés à s’interroger sur le sens de la justice et les valeurs de la société qu’ils doivent protéger.