Les forces de l’alliance ninja sont finalement parvenues à sceller les anciens Kage, à l’exception de Mî. C’est alors qu’apparaît sur le champ de bataille Madara Uchiwa en personne ! Tous les shinobis de l’alliance ninja sont sous le choc en le voyant. C’est Kabuto qui l’a ressuscité avec la technique de réincarnation des âmes. Même lorsque Madara est ressuscité, sa puissance semble sans limites et tous les Kage doivent unir leur forces afin de lui résister. Au même moment, Naruto et Killer Bee sont confrontés à six anciens hôtes qui ont été équipés d’une pupille Rinnegan et d’une pupille Sharingan chacun. Ces derniers sont sous le contrôle de l’homme masqué. Mais qui peut-il bien être ?