Naruto, Ino et Shino poursuivent leur mission au pays de l’eau sous le direction d’Anko Mitarashi, Alors qu’ils doivent démasquer et éliminer le Kaïman – une étrange créature marine qui terrifie la population – d’étranges souvenirs ressurgissent chez Mitarashi… La lumière se fait alors petit à petit sur les évènements et notamment sur certaines activités passées, mais non moins sordides d’Orochimaru …