Alors que les plans des bâtiments de Konoha sont volés par un ancien ninja, les genins découvrent que le village pourrait exploser à tout moment ! Tsunade prend les choses en main et confie la protection de Konoha à Naruto et ses compagnons. Mais rien ne s’arrange lorsque Yakumo, une ancienne élève de Kurenai, revient avec la ferme intention d’éradiquer chaque habitant. Son passé resurgit alors et des secrets bien cachés sont dévoilés…