Au temps où il était dans l’unité de Minato avec Obito et Lin, Kakashi perdit son ami Obito lors de la bataille du pont de Kannabi. Peu de temps après, il finit par tuer Lin de ses propres mains. Kakashi sombra alors dans un désespoir sans fond. Minato, qui est devenu le 4^e Hogake, préoccupé par l’état de Kakashi, tente de le retenir auprès de lui en le faisant transférer dans une unité d’élite directement sous ses ordres, les Services Spéciaux, plus connus sous le nom d’ « Anbu ». Une fois intégré au sein de l’Anbu, Kakashi va apprendre à avancer dans les ténèbres en portant en lui ce crime impardonnable.